De nouveaux éléments d’évaluation ayant été rendus disponibles en 2006, le Conseil scientifique de l'environnement de Bretagne a estimé indispensable de rédiger un « Avis complémentaire sur l'évolution de la qualité des eaux en Bretagne » et des « Recommandations complémentaires pour une nouvelle politique de l'eau » intégrant les nouveaux éléments d'information acquis.

Ils complètent et précisent le premier avis rendu en décembre 2005, et dans certains cas ils nuancent ou corrigent des aspects qui ont pu être négligés dans le premier avis.