Le 12 décembre 1999, le pétrolier « Erika » coulait à proximité des côtes bretonnes. Le CSEB fit part immédiatement de ses premières réactions au travers du communiqué suivant :

Le Conseil scientifique de l'environnement de Bretagne ne peut rester indifférent face à cette nouvelle catastrophe et la haute probabilité d’une nouvelle marée noire dont l’ampleur est encore difficile à estimer. Il recommande vivement un renforcement et l’harmonisation des mesures de contrôle, de la conformité des navires aux règles internationales ainsi que de la qualification de leurs équipages. Ces mesures concernent en particulier les pétroliers naviguant dans les eaux internationales à proximité des côtes de la Bretagne.
Il recommande également que les responsabilités de l’armateur et de la compagnie pétrolière soient le plus rapidement déterminées et rendues publiques.
Il souhaite qu’en cas d’échouage important de la nappe pétrolière à la côte, les meilleures équipes scientifiques puissent être mobilisées pour :
- évaluer les risques encourus par les milieux naturels littoraux,
- évaluer les moyens de lutte proposés au regard de la fragilité des différents écosystèmes littoraux,
- évaluer les dégâts, pour peu que des données préalables existent.
Des équipes performantes existent en Bretagne. Elles pourraient être mobilisées avec d’autres équipes européennes. Une fois de plus, le Conseil scientifique insiste sur l’intérêt qu’il y a à parfaire la connaissance des écosystèmes côtiers bretons pour qu’en cas de catastrophe, l’ensemble des évaluations puisse s’appuyer sur des états de référence fiables."

Ensuite, le CSEB remis un rapport au Conseil régional, analysant plus précisément l'évènement et ses conséquences et faisant part de ses propositions. 

• Analyse et recommandations concernant la marée noire consécutive au naufrage de l'Erika. Juin 2000. 15 pages.