Depuis 2007, à l'occasion du Carrefour des gestions locales de l'eau (CGLE) organisé à Rennes, le CSEB organise un séminaire scientifique sur une problématique environnementale liée à la qualité et la gestion de l'eau et des milieux aquatiques. Les thèmes abordés ont été les suivants :

- 2007 : Le phosphore dans l'environnement : bilan des connaissances sur les impacts, les transferts et la gestion environnementale

- 2008 : Gestion des cyanobactéries d’eau douce, organisé par le GIS Cyanobactéries (parrainage du CSEB)

- 2009 : Morphologie des cours d'eau et qualité des eaux : rôle des retenues, des écluses et des seuils

- 2010 : Eau, trait d’union entre bassins versants et espaces maritimes